משימות השייטת נגזרות ממטרת העל של זרוע הים - לאפשר פעילות ימית פתוחה וחופשית למדינת ישראל. בזמן חירום מוטלות על השייטת משימות איסוף מודיעין, סיורי ביטחון שוטף למניעת פעילות חבלנית עוינת, סיכול הברחות נשק לגורמי טרור ומתן גיבוי מהים לכוחות מתמרנים ביבשה בפעולות מבצעיות. מאז הקמת האסדות הורחבו משימות זרוע הים ושייטת 3 וכעת, על השייטת מוטלת משימת ההגנה על נכסיה האסטרטגיים של מדינת ישראל במרחב הימי.
השייטת הינה יחידה מעורבת, בה משרתים לוחמים ולוחמות יחד על כליי השיט.
כדי להגיע לשירות כלוחם ימי על סטי"ל יש לעבור גיבוש לוחם ימי, בו המתמיינים עוברים סדרה של בחינות פיזיות ושכליות.

ההכשרה:

בספינה ישנה חלוקה למקצועות בהם מוכשרים ומשרתים הלוחמים. לכל מקצוע חשיבות מיוחדת לתפקוד הספינה והשייטת.

כלל הלוחמים והלוחמות עוברים הכשרה ייעודית, המתאימה למקצוע שבו ישרתו, בבסיס ההדרכה של זרוע הים, כאשר עד 20 מקצועות שונים נדרשים לתפעול הסטי"ל. אורך ההכשרה נע בין 4-6 חודשים והיא מתקיימת בצורה מחזורית, כלומר כלל הלוחמים מגיעים לספינותיהם יחד, עם סיום הכשרתם.

הלוחם לומד להפעיל את מערכות הסטי"ל ואמצעי הלחימה (מקלעים, תותחים, מערכות שליטה ובקרה, אמצעי הגנה וטילנות מתקדמים), לבצע עבודות תחזוקה בסטי"ל, לפתור תקלות וכל זאת בזמן קצר ובצמוד לתחילת השירות בספינה. החניכים נדרשים לשמור על רמה גבוהה של כושר פיזי ונפשי לאורך כל אורך הקורס, ובסופו נדרשים לעבור בוחן מסכם שבוחן בדיוק את אלו, הכולל ריצה, שיט בסירת גומי, וטילוף (צורת שחייה מאתגרת).

ישנן 4 מחלקות בספינת טילים:

אלקטרוניקה - בה משרתים המפעילים והטכנאים של המערכות המתקדמות המותקנות בסטי"ל.
לוחמים ולוחמות מפעילים מספר מערכות הגנה ותקיפה לרבות מערכות המכ"ם, טילי הגנה נגד טילים, מערכות תקיפה, מערכת איתור וגילוי נגד צוללות ועוד, וכל זאת בלב ים ובעומק האויב.

מחלקת נשק - בה משרתים מפעילי כלל מערכות התקיפה. לוחמי מחלקת הנשק של הספינה אמונים גם על ימאות הספינה ומשימותיהן במישור זה מגוונות; שיט בסירת גומי, הכנה לחילוץ מהספינה ע"י מסוק, קשירת הספינה לרציף וניתוקה, תדלוק הספינה, גרירת כלי שיט אחר ועוד.

מחלקת גילוי ניווט וקשר (גנ"ק) - בה משרתים מפעילי מערכת השליטה והבקרה, נגדי הגשר, אלחוטנים וטכנאי הקשר בספינה. מחלקה זו אחראית על בניית תמונה ימית אשר בעזרתה ניתן לאתר את המטרות ולפגוע בהן בדיוק רב.

מחלקת מכונה - מכונה הינה ה-"לב" של הספינה. במחלקה זו משרתים לוחמים אשר עברו הכשרת מכונאות, חשמלאות וטכנאות מערכות לבקרת הספק. הלוחם במחלקת מכונה אמון על הפעלת מערכות הנעה ובקרה המאפשרות לספינה לפעול בכל רגע נתון. בנוסף, על חיילי מחלקת מכונה לתפעל מצבי קיצון כגון שריפות, הצפות ותקלות במערכות חיוניות.

לכל אחת מהמחלקות מומחיות משלה אך כולן עובדות יחד על מנת לתפעל את הסטי"ל ולמלא את יעודה של השייטת - הגנה על מדינת ישראל מהים.